In Battle Legion, i comandanti hanno accesso a missioni giornaliere, missioni settimanali e obiettivi. Gli obiettivi e le missioni sono accessibili dal pannello missioni, che si trova in basso a sinistra nel menu principale, segnato da un punto esclamativo.
Le missioni possono includere traguardi raggiungibili in diverse modalità di gioco e Eventi. La maggior parte delle missioni, come "Uccidi 100 unità nemiche", può essere completata in qualsiasi modalità di gioco. Le Missioni devono essere completate entro il tempo limite. Il tempo rimasto per completare una missione viene mostrato sotto le schede giornaliere e settimanali. Una volta completate le missioni, i comandanti riceveranno delle ricompense, che possono includere PE Percorso della stagione, oro, pietre del potere e frammenti di manufatti. Una volta completata una missione, i comandanti riceveranno una notifica nella parte inferiore dello schermo.
Le missioni giornaliere e settimanali hanno un ulteriore sistema di forzieri di ricompense, con cui è possibile ottenere fino a 5 forzieri di ricompense sia per le missioni giornaliere che per quelle settimanali. Completando le missioni è possibile ottenere dei punti, che permettono di sbloccare forzieri ogni 20 punti ottenuti. Una volta completata una missione, questa verrà ripristinata una volta che il timer si sarà azzerato.
Gli obiettivi sono traguardi a lungo termine e prove di forza che possono richiedere ai comandanti molto tempo per essere completati. Gli obiettivi non hanno un limite di tempo. Completando gli obiettivi i comandanti possono ricevere oro, gemme o personalizzazioni.
Missione titolo era Élite (comandante d'élite)
La Missione titolo era Élite (unica per ogni era) è disponibile nella sezione Missioni sotto Eventi.
Per ottenere il titolo era Élite, un comandante deve raggiungere la vetta della classifica, la posizione 1, nella seconda settimana di una delle stagioni dell'era.
Il titolo era Élite può essere potenziato con colori e decorazioni unici raggiungendo la prima posizione in più stagioni di un'era, in modo da fornire al titolo un aspetto più prestigioso per ogni stagione aggiuntiva.